Los cenotes comunican el mundo subterráneo con el terrestre, relación que da lugar a escenarios únicos y representan un recurso natural que el hombre ha aprovechado históricamente para diversos fines.
Cenote es un término de origen maya (ts'ono'ot, dzonot), que significa hoyo en el suelo y se refiere a cualquier caverna inundada. A lo largo de la costa del sector Norte del Caribe se han cartografiado más de 600 km de galerías y túneles inundados que incluyen las cinco cuevas sumergidas más grandes del mundo. A través de las galerías y túneles de estas cavernas fluyen grandes volúmenes de agua que provienen de la lluvia que cae en la
Península de Yucatán y son descargados en la costa a través de caletas y manantiales submarinos.
Los cenotes son resultado del proceso geomorfológico denominado karst, que consiste en la combinación de mecanismos de disolución, colapso y construcción de la caliza. Estos procesos están regidos por factores intrínsecos (tipo, grado de porosidad y fractura de la roca) y extrínsecos (clima, temperatura, vegetación, mezcla de agua dulce y salada y tiempo de exposición al proceso.), los cuales actúan en diferentes escalas de tiempo y espacio, generando una amplia gama de formas y grados de karstificación.
La disolución de rocas solubles (yeso, caliza, dolomita y halita) se realiza por corrosión química a partir del agua pluvial que se acidifica con el contacto del suelo antes de llegar a la corriente subterránea. En ésta, la mezcla de agua salada y dulce (o haloclina), aumenta la agresividad sobre la roca y da origen a su disolución. Esta disolución se asocia a las variaciones del nivel del mar a lo largo de miles de años. El segundo mecanismo vinculado al Karst, denominado colapso, se refiere a las fluctuaciones del nivel del mar en los periodos glaciar e interglaciar. Cuando el nivel del mar bajo en periodos glaciares descendió el acuífero (corrientes subterráneas) y dejó una caverna aérea tras de sí, donde secciones del techo se desplomaron por falta de soporte, formando cenotes. Al final del periodo glaciar el mar regresó e inundó las cavernas. El nivel actual del mar se alcanzó hace 5,000 años aproximadamente.
El tercer mecanismo del karst, denominado construcción, es el responsable de las formaciones de estructuras constructivas o de acumulación, también denominadas espeleotemas (estalactitas, estalagmitas y columnas), del material disuelto en el proceso del karst. Las cuevas secas originadas por los dos primeros mecanismos continúan recibiendo agua de lluvia acidificada que lleva en solución a los minerales de la roca disuelta. Al llegar a la caverna aérea los minerales se precipitan y crean estas formaciones. Cuyo crecimiento se detiene cuando la cueva se inunda por un incremento en el nivel del mar en un periodo interglaciar.
Los descensos en el nivel del mar durante el Holoceno obligaron tanto a humanos como a la fauna a ingresar a las cuevas para acceder al acuífero, lo cual explica los registros paleontológicos y antropológicos encontrados a la fecha y que son evidencia del aprovechamiento histórico de estos sitios para diversos fines. Para los mayas, eran pasos simbólicos entre el mundo terrestre y el subterráneo, concepción mitológica que quedó plasmada en el Popol Vuh. Además de su relación con el mundo de los muertos, llamado Xibalbá, los cenotes también se asociaba con la fertilidad, por lo que eran considerados lugares del nacimiento de la vida, origen de algunos grupos o linajes y contenedores de agua virgen o suhuy ha', y por ello, se utilizaron para practicar ciertos ritos, entre los que destaca el llamado chen ku, que consistía en arrojar víctimas a sus aguas, como en el caso del Cenote Sagrado de Chichén Itzá, Yucatán. Sin embargo, los cenotes eran propicios para una gran variedad de ceremonias, cuya evidencia quedó plasmada en decoraciones en las paredes de las cuevas y estructuras pequeñas en los accesos, formadas por rocas apiladas que probablemente constituían adoratorios o templos.
Por otra parte, los hallazgos de concentraciones de restos esqueléticos en los cenotes, denominados "depósitos mortuorios", generó la hipótesis de su uso como sitios funerarios. En todos estos depósitos mortuorios estudiados hasta la fecha se observó que los cráneos presentaban deformaciones (tabular erecta y tabular oblicua), lo que indica que corresponden a individuos mayas del periodo prehispánico o del contacto europeo.
Actualmente el aprovechamiento que hacemos de los cenotes es principalmente recreativo debido a que ofrecen escenarios inigualables al espectador y a quienes nadan en ellos, una sensación vivificante al sumergirnos en sus aguas. Este tipo de aprovechamiento sustenta parte de la actividad turística que se realiza en el Estado de Quintana Roo, de ahí, su importancia económica.